A Secretaria de Parcerias (Separ) responde serviços de manutenção da cidade de modo geral:  roçagem, capinação, despraguejamento e limpeza de terrenos públicos, praças, parques, áreas de lazer, canteiros centrais de avenidas e próprios municipais; poda e corte de árvores; recuperação asfáltica e tapa-buraco; limpeza e varrição de vias públicas, incluindo feiras livres; iluminação pública; conservação de vias de terra; administração dos cemitérios municipais, Mercado Municipal e Mercado Distrital; gerenciamento do sistema de coleta de lixo, do programa Ecoponto e de reciclagem de entulho e suporte para preparação de eventos das demais secretarias.

A Separ também coordena o sistema de Coleta Seletiva, com apoio às cooperativas de reciclagem Coreso, Ecoeso, Catares e Reviver, e o convênio da Prefeitura com a Cooperativa de Egressos e Familiares de Egressos de Sorocaba e Região (Coopereso), a primeira do semelhante do Brasil. Os trabalhadores são contratados para executar serviços públicos, como a roçagem de espaços públicos e terrenos particulares, a construção de calçadas, pintura de muros, triagem de entulho no Aterro de Inertes para reciclagem,entre outros.