A Secretaria da Saúde (SES) responde pelo planejamento, execução e fiscalização das atividades referentes à saúde pública a cargo do Município ou realizada de forma suplementar às ações dos governos Estadual e Federal. Sua atuação visa desenvolver e aprimorar os serviços prestados à população, com o objetivo de reduzir as necessidades de assistência, por meio da humanização do atendimento e de programas de saúde preventiva.

Entre suas atribuições, estão a administração das Unidades Pré-Hospitalares da Zona Norte e Zona Oeste, das Policlínica Municipal de Especialidades, das Unidades Básicas de Saúde e de Pronto-Atendimento; das ações da Seção de Controle de Zoonoses e das Vigilâncias Sanitária e Epidemiológica; do Centro de Referência em Saúde da Mulher; e atendimentos pelos Ônibus da Mulher e do Homem.